Agencija tokom postupka odobravanja kliničkog ispitivanja provjerava i ocjenjuje u kojoj mjeri su ispoštovana pravila za ispitivanje lijekova utvrđena važećim Pravilnikom i standardima (principima) dobre kliničke prakse. Dobra klinička praksa određuje pravila u organizovanju, sprovođenju, posmatranju, kontroli i završetku kliničkih ispitivanja kao i izvještavanju o dobijenim rezultatima. Cilj je da se za svakog potencijalnog učesnika (ispitanika) u kliničkom ispitivanju garantuje očuvanje njegovog zdravlja i bezbjednosti.
    

Klinička ispitivanja su širokoj javnosti malo poznata, a postoje i brojne predrasude o njima što su i neki od razloga njihove male zastupjenosti u našoj zemlji, ali i u zemljama u okruženju.
    

Agencija je u 2013.godini odobrila 11 novih kliničkih ispitivanja u BiH. Prošle godine (2014) broj je za više od 50% veći i iznosi 23 odobrena klinička ispitivanja. Klinička ispitivanja koja se provode u BiH su multicentrična, odnosno sprovode se u više zdravstvenih centara i više zemalja istovremeno. Za njihov nadzor i kontrolu je takođe nadležna Agencija.
  

 Klinička ispitivanja su složen postupak koji je neophodan u procesu istraživanja novih, ali i postojećih načina liječenja i terapijskih mogućnosti.
    

Klinička ispitivanja se provode u cilju otkrivanja novih i potvrđivanja postojećih terapijskih mogućnosti. Značaj kliničkih ispitivanja ogleda se u razvoju lijekova i proširivanju znanja o efikasnosti i sigurnosti lijekova koji su već ušli u kliničku praksu i primjenu. Takođe, značaj kliničkih ispitivanja se ogleda i u mogućnosti da se ispitanici podvrgnu liječenju najnovijim terapijskim mogućnostima. Za ispitanike je važno da se upoznaju, i da budu upoznati, sa svim detaljima o kliničkom ispitivanju, prije nego što prihvate da učestvuju u njemu.